Le Parc national Pongara se situe sur les berges méridionales de l’estuaire du Gabon. Le Site comprend une large gamme de mangroves, de forêts ripicoles, marécageuses, littorales et inondées, et de savanes herbacées. On y rencontre plusieurs rivières, dont les rivières Remboué, Igombiné et Gomgoué. Les mangroves (espèces des genres Avicennia et Rhizophora) et la fougère Acrostichum aureum contribuent à réguler et à stabiliser le débit de l’eau. Le Site est un lieu de ponte important pour la tortue luth (Dermochelys coriacea), espèce en danger critique, et il abrite la tortue imbriquée (Eretmochelys imbricata), espèce en danger critique, la tortue verte (Chelonia mydas), espèce en danger, et la tortue olivâtre (Lepidochelys olivacea), espèce vulnérable. On y retrouve également des gorilles, des chimpanzés, des éléphants et des hippopotames, ainsi que d’importantes populations d’oiseaux migrateurs, dont près de 10 000 échassiers du Paléarctique hivernants. Entre autres espèces animales, citons le crocodile nain (Osteolaemus tetraspis), espèce vulnérable, le typhlops commun (Ramphotyphlops braminus), le gecko des maisons (Hemidactylus mabouia), le mabouya du Sénégal (Trachylepis affinis) et le caméléon bilobé (Chamaeleo dilepis). Les espèces végétales comprennent l’okoumé (Aucoumea klaineana) et la liane à clous (Dalbergia ecastaphyllum). Les grandes vasières et les mangroves sont des zones de frai, d’alevinage et d’alimentation pour toute une variété de poissons. Le Site est habité depuis le Néolithique et l’on y trouve aujourd’hui des communautés Fang, Benga et Sekiani. Les habitants exploitent le bois des forêts et pratiquent la chasse, la culture de la banane, du manioc et du poivre, et plus particulièrement la pêche – le Site est considéré comme une source alimentaire pour toute la région. Toutefois, la pêche non sélective, la chasse et l’exploitation des forêts à l’intérieur et autour du Site exercent une menace sur l’équilibre de l’écosystème.